Через брак ферментів їжа в тонкому кишечнику перетравлюється і засвоюється не повністю, викликаючи відповідні симптоми. Ентерогенная диспепсія обумовлена проблемами з тонким кишечником, захворювання якого погіршують переварювання і засвоєння здебільшого поживних речовин, що містяться в їжі.